正如中日关系中有个台湾问题一样，台海事务中有一个日本问题。中日关系中的台湾问题，比起常常发作、引发两国阵痛的历史问题的痈疽来，更具有实质性，直接关系到两国的国家利益和地缘战略。
加快涉台步伐
日本海上自卫队
2003年底以来，日本明显加快了涉足台海事务的步伐。12月12日，日本不顾北京方面的强烈反对，日本交流协会台北事务所公然在台北举办明仁天皇诞辰招待会，邀请台湾当局“外交部长”、“总统府秘书长”等政要出席。12月15日，日本“李登辉之友会”在东京召开成立大会。李登辉通过会场的荧屏发表了题为“台湾精神和日本精神”的演讲，称“日本人士应发扬‘武士道’精神，重拾战后失去的自信心，并在亚洲发挥领导力”。
12月25日，曾于两年前力排众议，核发签证让李登辉赴日本大阪“就医”的日本前首相森喜朗在小泉政府的默许下“因私”访台。短短3天行程，不但办完了为亡友扫墓和与台经济、体育团体交流等私事，还拨冗出席了台当局的授勋仪式，而且会见了现任“总统”陈水扁和前“总统”李登辉，其效率之高，令人咋舌。
日本决定购买美国的导弹防御系统
日台“准官方往来”如此频密，主要是由于第二届小泉内阁“胆大了”。这个保守的政权正踌躇满志地要把日本改造为“普通国家”，此刻适逢日本经济好转，旁骛台海事务不至于被国内问题搞得措手不及；又因为“有事法制”三法案刚出台不久，日本插手台海似乎合情合理，有“法律依据”；而在伊拉克战争硝烟散去，亟待战后重建的国际背景下，出钱又出兵的日本自恃“劳苦功高”，此时在台湾问题上与中国过招，不仅不会招致美国的不满，反而有可能得到布什的鼓励。
试水“两个中国”
众所周知，日本政坛有一个规模庞大的“台湾帮”。其构成颇为复杂，从右翼组织“青岚会”，到主要由政治家组成的“日华关系议员恳谈会”，从“日台议员联盟”，到政治家的周边组织“李登辉之友会”、“陈水扁之友会”等，不一而足。其中，日本与台湾“断交”仅半年后（1973年3月）成立的“日华关系议员恳谈会”，成员据说超过300人，多为少壮、鹰派的实力人物，且不乏“铁杆”。有迹象表明，亲台日本政治势力甚至准备搞日本版的《与台湾关系法》。而一旦将所谓“日台交流协定”付诸国会表决的话，在为数甚众的亲台议员的策动下，很可能会一次性通过。
相比之下，被认为“亲华”的政治团体“日中友好议员联盟”，虽然表面上也拥有300名以上成员，但其中相当多的人却“脚踩两只船”——同时也在“日华关系议员恳谈会”注册。随着日本政坛的几次重新洗牌，纯粹的亲华派几乎已经绝迹。
过去，迫于中国的压力，日本政府科级以上官员的访台都很难实现。小泉上台后，已基本打破了这些限制。现在，在东京——台北间往来穿梭的，已经远不止民间财界人士，甚至不乏军界高官。用一位中国学者的话来说，日台之间可谓“暗流汹涌”。更为微妙的是，最近的一些情况表明，一些构成中日关系政治和法律基础、此前我们认为绝对不可能改变的原则和框架正在受到挑战，始终明确的“一个中国”、“台湾是中国领土的一部分”等原则立场，其界限正在变得“模糊”起来。
日本屡屡在台湾问题上“试水”，试探中方的容忍度。去年12月24日刚刚解密的日本外务省外交文档证实，在20世纪60年代，日本政府虽然公开表示坚持“一个中国”的方针，却一直在暗中摸索“两个中国”的政策。
扩大导弹防御
对于日本公司来说，中国是一个新兴的出口市场。不过，台湾是日本第四大贸易伙伴，日本则是台湾第三大出口目的地和最大的进口来源地。考虑到台湾和日本之间密切的文化和政治关系，海峡两岸的稳定对日本的重大战略影响，东京、北京和台北的三方关系变得愈发微妙。
日本陆上自卫队
台湾位于往来北亚的重要航道上，对日来说有着重要的军事和经济意义。台湾海峡爆发的任何冲突都会严重危及日本的海上安全和经济。日本的这种担心因中国海军雄心勃勃的改革计划而加剧。中国海军打算将自己由一支只能在从北太平洋的阿留申群岛到位于南中国海的我南沙群岛这些“外围列岛”展示力量的“浅海”海军转变为可以深入太平洋采取行动的“深水”海军。
如果收回了台湾，中国将更容易解决有争议的钓鱼岛列岛主权问题。日本对中国在冲绳西北400公里处建的海上钻井平台经感到不安，并向该地区的附近派出了侦察机。早些时候发生的一些中国保钓人士试图登上钓鱼群岛的事件让日本变得更加紧张。中国说，如果台湾问题拖得太久，它不会放弃通过武力让台湾和大陆统一的权利。冲绳群岛一直延伸到台北东南，这让人想到一旦美国和中国因台湾问题发生冲突，日本可能会参与进来。
不过，日本一直在采取措施，防范台海冲突可能造成的影响。日本海上自卫队一直对台湾问题给予了比朝鲜核威胁更大的关注，它也一直在购买新的潜艇和航空母舰，以“保护”日本在该地区的利益。东京最近决定继续建立导弹防御体系，可以从下面这个角度来看待此事：设在日本的导弹防御系统会至少覆盖台湾北部，因此会进一步将台湾纳入日本的影响范围。